Эксплуатация бассейнов связана с необходимостью обеззараживания воды. В случае использования реагентного обеззараживания (гипохлориты, трихлоризоциануровая кислота, пероксидные вещества) вода бассейнов представляет опасность для биоценозов активного ила и биоплёнки, осуществляющих преобразование органических компонентов в системах биологической очистки. Такая вода вообще не должна попадать в систему локальной канализации и на компактные очистные сооружения.
Вода бассейнов не относится по своему составу к хозяйственно-бытовым сточным водам. Залповое попадание такой воды в очистные сооружения приведёт к резкому снижению нагрузки на активный ил и биоплёнку, вызовет голод биоценоза и его вымывание из биореакторов очистных сооружений. Это приведёт, в конечном счёте, к резкому загрязнению водоёма в месте сброса сточных вод.

Для предотвращения негативного влияния на очистные сооружения вод бассейнов необходимо следующее:

• Для обеззараживания вод бассейнов использовать безреагентные методы или осуществить выдержку воды перед сбросом в течение пяти суток с момента последнего внесения реагентов обеззараживания;
• Для предотвращения вымывания активного ила из биореакторов воду бассейнов подавать в систему локальной канализации равномерно, постепенно, малыми объемами в единицу времени, используя насосы низкой производительности. Для установки биологической очистки производительностью 100 м*/сут допускается подача избыточной условно чистой воды не более 10 м3 в течение суток с равномерность не более 400 литров/час;
• Обеспечить квалифицированную эксплуатацию и обслуживание установки.
• Контроль и проведение работ по обслуживанию установки и механического оборудования регистрировать в журнале.

• Категорически запрещается отводить на очистные сооружения:

• септические осадки;
• регенерационные воды оборудования очистки питьевой воды;
• воду из бассейнов при ее замене или профилактических работах;
• дождевые воды с крыш и территорий;
• экскременты домашних животных.

• Обеспечить бесперебойную подачу стоячей воды, параметры которой должны соответствовать расчетным.
• Обеспечить бесперебойную подачу электроэнергии.
• Использовать только биоразлагаемые моющие средства, дезинфицирующие средства и средства для стирки.